Según datos históricos, las primeras cofradías se establecieron en la colonia de Santo Domingo a partir del año 1503, como congregaciones de devotos católicos. Ni negros ni mulatos podían formar parte de ellas, razón por la cual fundan estos sus propias hermandades. Una de las más antiguas y conocidas era la Cofradía del Espíritu Santo, activa en varios pueblos del país, y que en la actualidad sobrevive en San Juan de la Maguana, Cotuí y Villa Mella. De estas tres, la Cofradía de los Congos de Villa Mella es la más activa y la más directamente consagrada al Espíritu Santo. 

La más antigua mención escrita que se conoce sobre sus tradiciones aparece en el Código Negro Carolino del 1784, en el cual se prohíben los ritos del Banko con las penas más severas. En la actualidad, algunos de sus miembros activos reportan la participación de sus ancestros desde el año 1850.