Según inventario realizado en 1795, las construcciones principales del conjunto (iglesia, casa de purgas, casa de calderas, trapiche, herrería y aguardientería) habían sido construidas con muros de cal y canto, a excepción de la gran casa o palacio que figura como construida con piedra de cantería. Para los techos se utilizó en su mayoría la madera y la yagua. Se destacan además un horno de quemar hormas y un horno de quemar cal construidos ambos en ladrillo.

La gran casa del ingenio, conocida como Palacio de Engombe, es una edificación de dos niveles plantas y planta de forma rectangular construida en la primera mitad del siglo XVI. Las grandes piedras de cantería utilizadas en sus muros muestran la buena posición económica de sus propietarios originales. Su fachada frontal recuerda a la fachada del Alcázar de Colón, en la Ciudad Colonial de Santo Domingo, por sus arcadas tanto en primer como en segundo piso. Con el correr de los años la casa perdió el techo y el entrepiso. Algunos detalles arquitectónicos son propios de las edificaciones del Renacimiento, en especial las columnas en ambos pisos. 

El primer espacio de entrada a la gran casa es una sala con una escalera en el lateral derecho que conducía antiguamente al nivel superior. Desde la sala se pasa además a unos dos espacios al fondo y habitaciones ubicadas a ambos lados. Durante las obras de restauración llevadas a cabo en el año 1963 se determinó que en el primer nivel de la gran casa nunca existió material de piso ni los muros estuvieron nunca recubiertos de pañete o enlucido. Sólo en el segundo nivel se encontraron restos de pisos y pañetes originales, demostrando así la diferencia de uso entre ambas plantas. En la actualidad, la edificación se encuentra destechada.

La capilla es una pequeña edificación de una sola nave con techos inclinados y ábside en forma de polígono cubierto por una cúpula de media naranja.  El altar se comunicaba con un espacio más reducido que servía de sacristía. Un muro lateral que sobresale de la nave, en el lado contrario a la sacristía, incluye en su parte superior un pequeño campanario. Durante la restauración de 1963 se reconstruyó el techo que se había desplomado alrededor de 1930. En el libro “Los monumentos arquitectónicos de La Española”, el historiador del arte Erwin Walter Palm señala que la capilla del Ingenio de Engombe, originalmente dedicada a Santa Ana, era la única construcción religiosa en el siglo XVI que no incluía detalles de estilo gótico, común este en las primeras iglesias y conventos de la colonia.

La propiedad incluye además cerca de la capilla un edificio destechado de forma rectangular, con portal de piedra, que se presume pudo haber sido utilizado como almacén o galpón de esclavos, En las cercanías se encuentran además una estructura semi-circular que se presume era el trapiche y los restos de otro tipo de construcción de uso aún no identificado.

En 1972 y 1999 se realizaron sondeos arqueológicos en algunas áreas seleccionadas con el objetivo de localizar algunas estructuras y recoger muestras vitales para la comprensión del sitio. Sin embargo, las informaciones siguen siendo insuficientes y se necesita una investigación más extensa para poder definir los usos de los restos que formaban parte del ingenio y cómo este funcionaba.